Las hileras de captura de microARN mediante hibridización es una herramienta para caracterizar perfiles de expresión de microARN. El análisis de muestras biológicas contra una hilera de hibridización que contiene una biblioteca de microARN permite la construcción de un perfil de expresión de microARNs para estados biológicos específicos. Si la muestra es de un tumor, la identidad del microARN presente en el tejido tumoral puede ser usada para aprender sobre mecanismos del cáncer, obtener información diagnóstica o pronóstica, o buscar biomarcadores potenciales.
Uno de los pioneros en el desarrollo de productos con microARN, Rosetta Genomics Laboratories (Rehovot, Israel) desarrolló tecnologías que permiten la identificación de secuencias de microARN en genomas de una gama amplia de tipos de muestras. Sus plataformas tecnológicas ayudan a identificar extractar, cuantificar y analizar microARNs y medir su nivel de expresión. Estas tecnologías han permitido el avance de proyectos diagnósticos múltiples que resuelven necesidades insatisfechas en cáncer, salud femenina y otras indicaciones.
Las pruebas producidas por Rosetta incluyen miRview mets una prueba que puede identificar con exactitud el sitio primario del tumor en pacientes con cáncer mestastásico, y en pacientes cuyo tumor no se ha identificado; miRview escamoso, que diferencia el cáncer pulmonar de células grandes (NSCLC) escamoso, del no escamoso; y miRview, una prueba que usa la gran especificidad de los microARNs como biomarcadores para diferenciar el mesotelioma un cáncer asociado con la exposición al asbesto, de otros carcinomas pulmonares.
La microhilera con microARN de Miltenyi Biotech (Gladbach, Alemania) es llamada la microhilera miRXplore. Contiene aproximadamente 2.200 microARNs incluyendo humanos, de ratón, rata, microARNs anotados correspondientes de miRBase 13.0 y 72 controles.
miRXplore, un producto de Miltenyi ha sido usado en para determinar los perfiles de expresión de células sanguíneas. Los oligonucleótidos control ayudan a compensar el sesgo y permiten la normalización de datos confiables. Muchos inmunólogos son usuarios de este producto.
Miltenyi usa una solución tampón optimizada que reduce las diferencias en las temperaturas de fusión entre los pares de bases adenina-timina (A-T) y guanina-citosina (C-T).Permite la detección sensible y específica de todos los microARN, simultáneamente.
Distinguir microARNs que difieren en apenas un ácido nucleico (AN) es un reto. Miltenyi realiza experimentos con microARNs mal apareados artificiales, colocados entre el ARN total de células de carcinoma hepatocelular, células de glioblastoma, células del hipocampo y células CD4+T para ilustrar las intensidades de señales relativas de sondas sencillas de sondas dobles mal apareadas. Los resultados mostraron que las señales de hibridización cruzada eran de menos del 10% aún en el caso de malos apareamientos de una sola base. Por lo tanto, miRXplore puede distinguir entre miembros de familias de microARN que tienen un grado alto de similitud en sus secuencias.
Exiqon (Tustin, CA, USA) ofrece hileras de ácidos nucleicos bloqueados (LNA, por sus siglas en inglés) miRcury para determinar los perfiles de expresión genética. La tecnología LNA usa análogos de AN en el cual un puente de metileno bloquea el anillo de la ribosa entre el oxígeno 2' y el carbono 4'. Los LNA pueden formar pares de bases Watson-Crick estándar, pero con mucha más afinidad que las bases naturales. Esto aumenta la sensibilidad y especificidad en las tamizaciones de microhileras y minimiza el sesgo de hibridización que tiende a ocurrir con el uso de sondas de captura de ARN o ADN.
La versión 11.0 de la hilera miRcury Exiqon contiene más de 1.700 sondas de captura, incluyendo todos los microARNs anotados en miRBase 11.0, microARNs virales asociados con estas especies, y 428 sondas de captura miRPlus, adicionales.
También se usa la reacción de la cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) para la determinación de perfiles de expresión genética de microARNs. Biotrove (Woburn, MA, USA), ofrece OpenArray para la qPCR, de mediana a alta eficiencia, y su producto de prevención de pérdida de datos (DLP) para los perfiles de expresión genética de microARNs. Esta tecnología en las placas OpenArray permite que se hagan en paralelo 2.688 reacciones TaqMan qPCR. Se pueden obtener más de 30.000 datos en un solo día. La plataforma es lo suficientemente flexible para realizar los proyectos de tamización.
Biotrove fabrica los análisis OpenArray DLP con los cebadores del cliente en los pozos de la placa. El cliente, después carga las muestras y corre las placas en el ciclador OpenArray NT. Cada placa OpenArray DLP puede correr hasta 48 muestras separadas y el ciclador OpenArray NT puede manejar tres placas por corrida y cuatro corridas al día, para un total de 576 muestras diarias.
Los experimentos de perfiles de miARN funcionan en la investigación del cáncer y cardiovascular, pero la plataforma OpenArray también se usa ampliamente para la detección microbiana y los mercados de expresión genética.
Un aspecto que está esperando su desarrollo es el sistema de perfil de expresión genética de microARN que haga los perfiles de microARNs y de los mARNs (mensajeros) al mismo tiempo, y después extraiga información sobre las redes genéticas y los sistemas funcionales. El problema que debe ser resuelto son las diferentes condiciones necesarias para la captura de microARN y miARN.
Los resultados indican que los microARNs son mejores que otras moléculas para el descubrimiento de biomarcadores. La información mecánica revelada por los perfiles de expresión de los microARNs podría resolver, en el futuro, varios problemas biológicos difíciles.
Enlaces relacionados:
Rosetta Genomics
Miltenyi Biotech
Exiqon
Biotrove
