Analizador Espacial Digital identifica respuestas inmunes diversas dentro de los pacientes con COVID-19

El estudio dirigido por el Hospital General de Massachusetts utilizó la plataforma Analizador Espacial Digital GeoMx (DSP) de NanoString Technologies, Inc. (Seattle, WA, EUA) para descubrir la nueva información en las respuestas de los pacientes a la infección por el SARS-CoV-2.

Estos conocimientos que identifican la relación entre la ubicación viral y la respuesta inmune tienen el potencial de ser utilizados en futuras aplicaciones terapéuticas y clínicas. La COVID-19 aún no se comprende bien dentro de la comunidad científica y los resultados varían mucho entre pacientes individuales. Los esfuerzos de investigación se han visto desafiados por la escasez de muestras de tejido derivadas de pacientes, así como por la necesidad de fijar dichas muestras antes del análisis para reducir el riesgo de transmisión viral. Sin embargo, la capacidad de GeoMx DSP para realizar análisis espaciales de alto nivel de muestras incluidas en parafina y fijadas con formol (FFPE), permite a los investigadores recopilar más información de cada muestra preciosa y evaluar rápidamente la respuesta del cuerpo a la infección.

En el estudio, las muestras de autopsia FFPE de pacientes con infección por SARS-CoV-2 se analizaron con el GeoMx DSP, utilizando el Atlas de Respuesta Inmune GeoMx COVID-19 de > 1800+ plex y un ensayo de proteínas GeoMx 79 plex. GeoMx DSP reveló una alta heterogeneidad intra e interpaciente en la abundancia y localización de marcadores inmunes. Un paso crítico antes de la elaboración de perfiles cuantitativos con GeoMX DSP fue determinar las células que contienen el virus SAR-CoV-2. Esas células se agrupan en regiones de interés con cargas virales altas y bajas utilizando sondas RNAscope SARs-CoV-2 de Advanced Cell Diagnostics (ACD), una marca de Bio-techne. Los tipos de células inmunes se clasificaron en cada región de interés, descubriendo relaciones espaciales entre la ubicación del virus y la abundancia de células inmunes, que pueden tener implicaciones terapéuticas.

“Este estudio detectó diferencias en los marcadores inmunorreguladores que no se identificaron mediante la coloración inmunohistoquímica tradicional y el análisis de todo el portaobjetos, lo que ilustra la importancia del análisis espacial de alto plex”, dijo Joe Beechem, director científico y vicepresidente senior de I+D de NanoString. “La capacidad de GeoMx DSP para realizar un perfil espacial robusto y altamente sensible de muestras FFPE fue fundamental para permitir a los investigadores recopilar más información de muestras clínicamente relevantes”.

“Ahora tenemos la capacidad de comprender mejor la diversidad de infecciones por SARS-CoV-2 en muestras de pulmón de pacientes mediante el análisis espacial transcriptómico y proteómico sin precedentes, que proporciona el Analizador Espacial Digital GeoMx”, dijo David Ting, director clínico asociado de innovación en el Centro de Cáncer Mass General y profesor asistente de medicina en la Facultad de Medicina de Harvard. “Esperamos que estos hallazgos, junto con el análisis espacial continuo de las muestras de tejido infectado, sirvan de base al diseño de ensayos de intervención prospectivos”.

Enlace relacionado: