Nuevo algoritmo para la temperatura de fusión de los oligos

Esto produce un diseño mejor de los "primers” y sondas para las reacciones de polimerasa de cadena (PCR), la secuenciación de ADN y en aplicaciones de genómica como la eliminación de los ARNs interferentes pequeños (siARN) mediadas por genes. El algoritmo fue desarrollado por Integrated DNA Technologies (IDT, Coralville, IA, EUA).

El algoritmo IDT Tm cubierto por una patente en Estados Unidos ha sido incorporado en la suite de herramientas de diseño de oligonucleótidos, basada en la web, que está disponible de manera gratuita a través del portal SciTools de IDT (www.idtdna.com/SciTools/SciTools.aspx).

La temperatura de fusión de un oligonucleótido es su propiedad más crítica”, anotó el Dr. Mark Behlke, vicepresidente de genética molecular en IDT. "Es el punto en el cual la mitad de las hebras del oligo están hibridizadas con secuencias complementarias y la mitad están libres en soluciones como hebras sencillas. El problema es que los algoritmos existentes pueden fallar en sus predicciones hasta en 5-10ºC, cuando calculan la temperatura a la cual se realiza la fusión”.

Los algoritmos inexactos pueden tener un impacto serio en el trabajo de los investigadores en biotecnología afectando el diseño de experimentos nuevos. "De hecho, los errores resultantes pueden ser los suficientemente grandes para arruinar los experimentos, o lo que es más grave dar resultados equívocos o inexactos”, explicó el Dr. Richard Owczarzy, líder del equipo de desarrollo del algoritmo. El cálculo exacto del Tm es demasiado importante para dejarlo en manos de ecuaciones de 40 años de uso, por lo que construimos nuestro propio algoritmo desde el inicio”.

La mayoría de los algoritmos existentes calculan el Tm para los oligos bajo condiciones estándar de sal 1M, y después escalan a partir de allí para predecir las temperaturas de medición para las condiciones que realmente se usan en el experimento. Sin embargo, la mayoría de las predicciones basadas en una ecuación de corrección de sales tienen problemas cuando se usan con oligonucleótidos. El equipo del Dr. Owczarzy estudió el Tm de los oligos para una gran variedad de secuencias y condiciones. Después de realizar más de 4.000 curvas de fusión lograron desarrollar el algoritmo nuevo que predice el Tm de los oligos con exactitud, a medida que varía la concentración de sal.




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